O ensino de Ciências tem passado por uma série de transformações que têm aproximado a ciência ensinada nas escolas da ciência desenvolvida fora de seus muros, tal processo visa trazer aos estudantes a capacidade de investigar o mundo como um cientista e descobrir aquilo que se aprende, a esse processo dá-se o nome de alfabetização científica. Essa abordagem tem grande impacto na formação de futuros cidadãos mais engajados com as questões de seu tempo e é uma importante estratégia na melhora da qualidade do ensino. No ensino fundamental temas ecológicos se concentram principalmente nos ecossistemas terrestres. Pouca atenção é dada ao funcionamento dos ecossistemas de água doce, como rios, lagos, riachos e várzeas, e a função das matas ciliares, mesmo sendo esses ambientes extremamente ameaçados. O ensino de Ciências Ambientais também deve desenvolver no aluno a capacidade de resolver problemas e de se posicionar politicamente, além de estar intimamente ligado à sua realidade. Nesse sentido, é fundamental que se desenvolvam estratégias de ensino que permitam uma abordagem mais crítica e abrangente desses temas. É nesse contexto que o presente trabalho propõe uma estratégia de ensino baseada no ensino por investigação, voltada para a educação ambiental crítica acerca das matas ciliares e dos ecossistemas de água doce. O modelo didático e a sequência didática aqui propostos têm como objetivo contribuir para uma formação mais completa e crítica dos alunos em relação a esses importantes hábitats.