A invasão de espécies exóticas, a destruição de habitats e o aumento da urbanização geram perdas substanciais a biodiversidade e consequentemente distanciam as pessoas das espécies nativas. Neste trabalho, buscamos investigar a percepção de estudantes do ensino médio e superior sobre espécies exóticas e nativas do Brasil a partir da aplicação de questionários contendo questões abertas e fechadas, assim como um jogo de imagens para identificação do nome e o local de origem de diferentes espécies da fauna. Primeiro avaliamos 371 estudantes do ensino médio em dois municípios goianos, com e sem unidade de conservação, relacionamos o conhecimento dos estudantes acerca das espécies animais com o local de residência, a frequência de contato com a natureza, o número de aulas práticas e o número de visitas realizadas a Unidade de Conservação. Verificamos que os estudantes souberam identificar melhor as espécies exóticas do que as espécies nativas do Brasil. Também percebemos que os grupos taxonômicos melhor identificados foram os mamíferos, peixes e aves exóticas. Não observamos diferença da percepção dos alunos em relação ao município, à área de residência, frequência de contato com a natureza, aulas práticas e visitas à Unidade de Conservação. Os resultados evidenciam que as percepções dos estudantes sobre as espécies exóticas e nativas foram pouco abrangentes e a preferência dos estudantes em proteger espécies emblemáticas, como os mamíferos. Em seguida, avaliamos 509 estudantes de quatro cursos superiores da área de ciências ambientais (Agronomia, Ciências Biológicas, Ecologia e Medicina Veterinária) e relacionamos o conhecimento dos estudantes em diferentes aspectos do tema espécies nativas e exóticas invasoras. Verificamos que os universitários souberam identificar melhor as espécies nativas do que as espécies exóticas. Os grupos taxonômicos melhor identificados foram os mamíferos (exóticos e nativos), aves nativas e peixes exóticos. Não observamos diferença da percepção entre os quatro cursos e entre o início e o final da graduação. Embora a maioria dos estudantes tenha afirmado ter aprendido sobre espécies exóticas invasoras durante o ensino superior, constatamos que eles não se consideram bem informados sobre o tema. Verificamos ainda que há associação entre os cursos/semestres frequentados e o nível de conhecimentos dos estudantes. Assim, concluímos que os estudantes demonstraram conhecimento relevante sobre as espécies nativas, porém apresentaram deficiências acerca das espécies exóticas invasoras. Este estudo permitiu a melhor compreensão do atual nível de percepção sobre espécies nativas e exóticas de estudantes do ensino secundário e universitários da área ambiental e, portanto, nos permitiu refletir sobre a elaboração de novas estratégias de ensino e melhoria dos currículos escolares e acadêmicos.