Os micro-organismos são foco das pesquisas científicas recentes. Desde a análise do microbioma humano, vários trabalhos têm se dedicado a conhecer os micro-organismos associados ao homem e explorar seus potenciais. Mas o ensino de microbiologia nas escolas tem mostrado problemas. Alunos de diferentes níveis de escolaridade apresentam visão reducionista acerca dos micro-organismos, relacionando-os majoritariamente a patógenos, o que se repete na sociedade. Neste sentido, o objetivo do trabalho foi usar a compostagem como ferramenta pedagógica para promover o ensino de microbiologia no Ensino Básico. Na primeira etapa, foi aplicado um questionário de percepção sobre micro-organismos a 126 estudantes do 9º ano do Ensino Fundamental e do Ensino Médio, em uma escola de Campos dos Goytacazes e outra de São João da Barra-RJ. Na segunda etapa, esse mesmo questionário foi aplicado a uma turma de 25 alunos do 2º ano do Ensino Médio, em Campos dos Goytacazes, que participaram da intervenção pedagógica. Na terceira etapa, foi avaliada a eficiência da ação. Para tanto, elaborou-se uma proposta interdisciplinar com ênfase na decomposição microbiana de resíduos sólidos orgânicos, envolvendo conteúdos de Biologia (ecologia e microbiologia), Física (temperatura, umidade, evaporação e condensação), Química (pH e reações) e Matemática (frequências e relações de proporcionalidade), que foram trabalhados em aulas teóricas e práticas. Os resultados da análise de percepção na primeira etapa revelaram que 77% dos alunos atribuíram aos micro-organismos aspectos “ruins”, associando-os principalmente a patógenos. Na análise do conteúdo das respostas obtidas na turma de 2º ano do Ensino Médio, antes e depois da realização da segunda e terceira etapas, observou-se acentuada melhoria no ensino e aprendizagem de microbiologia. Inicialmente, 72% desse grupo de alunos atribuíam à prevalência de aspectos “ruins” aos micro-organismos. As respostas relacionavam micro-organismos com bactérias, patógenos causadores de doenças, seres invisíveis a olho nu, vírus e vermes. Após a intervenção pedagógica, os micro-organismos também foram relacionados à produção de alimentos, a possibilidade de encontrá-los em vários lugares e as funções microbianas nos ecossistemas e no corpo de outros seres vivos. Quanto ao processo de compostagem, 80% dos alunos não conheciam essa prática e a possibilidade de reaproveitar os resíduos foi considerada por 64% dos discentes. Após a prática interdisciplinar, 100% dos alunos reconheceram a possibilidade de reaproveitar os resíduos orgânicos. Dessa forma, ao avaliar a eficácia da ação, foi possível concluir a compostagem como ferramenta de ensino em contexto interdisciplinar permitiu valorizar as funções microbianas no ambiente, ressaltando a importância ecológica na manutenção dos ecossistemas. O senso crítico dos discentes quanto ao descarte de resíduos orgânicos também foi desenvolvido, mostrando a compostagem como uma prática de Educação Ambiental, sendo ainda evidenciados conceitos das disciplinas de Biologia, Física, Matemática e Química, conferindo maior significado a aprendizagem.