O presente TCM consiste da aplicação de três atividades e construção de uma sequencia didática, voltadas à educação ambiental no ensino médio, modalidade EJA, utilizando como tema a despoluição em ambientes aquáticos realizada pelos microrganismos. A educação ambiental é garantida na educação básica pela Constituição Nacional de 1988, leis 9.795/99; 6.938/81; LDB/97 e pelo PCN/2000. A EJA é assegurada pela LDB/17. O ensino por investigação presente no PCN/2000, NBCC/17 e estudado por diversos pesquisadores, deve apresentar entre outras características problematização, proposição de hipóteses, comparação das hipóteses com os resultados encontrados e a elaboração de conclusões. O estudo dos microrganismos e suas importantes ações na proteção ambiental são endossados por vários estudos publicados pela comunidade científica, PCN/2000 e pela BNCC/17. Os objetivos foram elaborar e aplicar atividades práticas de natureza investigativa sobre a ação dos microrganismos na despoluição das águas e um questionário pré e outro pós-atividades, realizar uma pesquisa sobre estação de tratamento de esgoto, produzir uma sequencia didática a partir das atividades desenvolvidas, estimular o senso crítico dos estudantes com relação ao papel dos microrganismos da despoluição e na preservação do meio ambiente e fazer uma visita técnica a uma ETE. Foi aplicado o questionário pré-atividade, logo em seguida realizadas as atividades de cunho investigativo e a pesquisa, por último utilizado o questionário pós-atividade e construída a sequencia didática. Os resultados mostraram que a realização das atividades propostas possibilitou um estudo com características investigativas, permitiu um ganho de conhecimento pelos alunos e estimulou a construção do senso crítico e de argumentos com relação ao papel dos microrganismos na depuração de poluentes e na conservação do meio ambiente. Conclui-se que exercícios aplicados foram ferramentas efetivas para o entendimento da ação dos seres vivos microscópicos na limpeza de ambientes aquáticos, oportunizaram o ganho e a consolidação do conhecimento e o diagnóstico de defasagens persistentes após o estudo.