A crise ambiental decorrente da crise civilizatória nos apresenta cenários que desafiam em sobremaneira nossa capacidade de gerenciar os recursos naturais, em especial os recursos hídricos. Nesse contexto, evidencia-se a necessidade de articular diferentes saberes para abordar de forma mais eficaz os conflitos ambientais que se apresentam. O arcabouço legal brasileiro tem sofrido transformações importantes no sentido de estimular a articulação entre o Sistema Nacional de Gerenciamento dos Recursos Hídricos e o Sistema Nacional de Meio Ambiente e, assim, propiciarem gestão holística e integrada dos recursos naturais. Apesar dos avanços no arcabouço legal que permitiram a gestão participativa e descentralizada dos recursos hídricos por meio dos organismos colegiados, é patente a necessidade de qualificar a participação dos componentes do Sistema Nacional de Gerenciamento dos Recursos Hídricos, principalmente os Comitês de Bacias Hidrográficas. A qualificação técnica é imprescindível para a correta implementação da Política Nacional de Recursos Hídricos e de seus instrumentos de gestão: cobrança pelo uso da água, outorga de direito de uso da água, sistema de informação, plano de bacia e enquadramento dos corpos d´água em classes de uso. Em vista disto, o objetivo geral desta pesquisa é contribuir para a democratização e qualificação do processo de enquadramento dos corpos d´água em classes de uso com o apoio dos conhecimentos oriundos da Ecologia. Para atingir o objetivo geral, foram definidos os seguintes objetivos específicos: identificar o estado da arte do enquadramento de corpos d´água em classes de usos no Brasil e na Região Hidrográfica VI do estado do Rio de Janeiro e caracterizar os conhecimentos ecológicos utilizados no processo de enquadramento dos recursos hídricos. A Região Hidrográfica VI do estado do Rio de Janeiro é também conhecida como Região dos Lagos e está subdividida em quatro regiões hidrográficas. As lagunas de Saquarema e Jaconé estão situadas na Região Hidrográfica das lagunas de Saquarema, Jaconé e Jacarepiá e são o foco da proposta do curso de capacitação apresentado nesta pesquisa. Com relação ao estado da arte do enquadramento nacional concluiu-se que houve avanços em função dos novos enquadramentos e reenquadramento realizados. No entanto, ainda existem lacunas no que tange às políticas complementares à correta implantação dos instrumentos de gestão da Política Nacional dos Recursos Hídricos. Sobre o estado da arte do enquadramento da Região Hidrográfica VI do estado do Rio de Janeiro, concluiu-se que é inexistente. Para fomentar e qualificar o processo de democratização da gestão dos recursos hídricos e, assim, estimular o início do enquadramento dessa região delineou-se um curso de capacitação direcionado aos integrantes do Comitê de Bacias Hidrográficas Lagos São João. O curso de capacitação apresentado nesta dissertação pode ser replicado para outros Comitês de Bacias Hidrográficas do país.