A Educação Ambiental escolar tem sido apontada como locus privilegiado para a internalização de valores que levem a novas atitudes nas relações homem-sociedade-ambiente. A realidade, todavia, vem demonstrando persistentes dificuldades para a implementação e consolidação de programas nessa área, cuja origem parece provir da natureza fragmentada do modelo curricular, que se orienta em igual paradigma da Ciência. Para evidenciar como se deu este processo reducionista do conhecimento, revisitam-se algumas das principais correntes do pensamento humano, do mágico ao racionalismo positivista. A abordagem sistêmica e o pensamento holístico, pautados nas teorias como a complexidade e as inter-relações, apresentam-se como alternativas superadoras. Visando explicitar esses entraves, é relatada investigação qualitativa efetuada em 23 escolas públicas e privadas de ensino fundamental em Florianópolis, com experiências realizadas em Educação Ambiental, tendo como categorias de análise: complexidade, indefinição conceitual e relações institucionais. Na perspectiva de proceder "transgressões metodológicas" à inovação proposta pelo MEC, na forma dos PCNs (que sugerem a inserção da Educação Ambiental como um dos temas transversais do currículo escolar), é aqui tomada como possibilidade de mudança mais significativa, desde que subvertida e extrapolada para o conjunto das relações humanas e com o ambiente.