A Mata Atlântica no sul da Bahia possui alta diversidade biológica e alto grau de endemismo, mas vem sofrendo grande pressão antrópica. Com a destruição desse ecossistema, um grande número de invertebrados e micro-organismos está sendo extinto antes mesmo de serem descoberto pela ciência. Neste trabalho buscou-se verificar o que alunos de 1ª e 4ª séries do ensino fundamental em uma escola pública e uma particular, conheciam sobre a Mata Atlântica e como percebiam a microbiota. Este levantamento foi realizado através de entrevistas individuais com os educandos, desenhos sobre a Mata Atlântica e sua fauna e intervenção em sala de aula. As entrevistas ocorreram antes, logo após e três meses após a intervenção. Com os professores foram aplicados questionários. A análise dos dados mostrou que os alunos, de modo geral, tinham uma tendência a apontar aspectos negativos da microbiota, principalmente na escola pública, o que se modificou após a intervenção. Percebeu-se ainda que os alunos da escola pública, ao serem perguntados em que local no Brasil pode-se encontrar mata lembraram, a maioria, de imediato, da região onde moram, enquanto os alunos da escola particular lembraram da Amazônia. Mesmo acreditando que exista mata na região onde moram, grande parte dos educandos não sabe o nome ou a situação dessa vegetação. Constatou-se que a microbiota constitui valiosa ferramenta para o desenvolvimento de uma conscientização para a conservação dos recursos naturais. Quanto aos professores, percebeu-se que se faz necessário um maior conhecimento sobre as riquezas locais, e que, de modo geral, nas duas escolas, o corpo docente encontra-se receptivo para a aquisição de novos conhecimentos que venham enriquecer suas aulas.