Os resíduos resultantes das diferentes atividades existentes nas instituições de ensino superior (IES), quando gerenciados de maneira inadequada, causam riscos à saúde e degradação do ambiente. Nesse sentido, torna-se necessário e urgente a construção de políticas de gestão integrada dos resíduos nesses âmbitos, o que requer a vinculação a um processo educativo na perspectiva da educação ambiental, de forma a potencializar o envolvimento e a participação da comunidade universitária na construção da sustentabilidade. Com o objetivo de construir políticas para a gestão dos resíduos em uma instituição federal de ensino superior (Ifes), a partir de sua implementação no Hospital de Clínicas Veterinária (HCV) na perspectiva da educação ambiental e do pensamento complexo, foi realizado um estudo de cunho qualitativo, aproximando-se da modalidade pesquisa-ação. A partir da análise temática dos dados coletados das reuniões com grupos focais – Grupo Desencadeador, composto por 28 sujeitos de diferentes setores da instituição, e Grupo Construtor, composto por 36 sujeitos pertencentes ao HCV –, da análise documental acerca do estatuto, regimento, portarias e missão da instituição e da observação do ambiente institucional, emergiram duas categorias: a) “A educação ambiental no caminhar para a reforma do pensamento: a aparente invisibilidade do processo de construção de políticas para a gestão dos resíduos na instituição de ensino superior” – enfocando a necessidade de conhecer o todo e a parte: o contexto do ambiente e da estrutura institucional; a geração de resíduos e situação do seu manejo na instituição; a realidade de um dos campus da instituição quanto ao manejo de resíduos; o processo de gestão dos resíduos de serviços de saúde; vivências na própria instituição e em outras, referentes a programas de gerenciamento de resíduos de serviços de saúde; e b) “A educação ambiental no caminhar para a reforma do pensamento: a visibilidade presente no processo de construção de políticas para a gestão dos resíduos na instituição de ensino superior” – enfocando o processo de construção da política, o plano de gerenciamento de resíduos de serviços de saúde na parte – HCV –, porém de forma inter-relacionada com o todo, compreendendo a identificação da problemática dos resíduos; o planejamento e implantação de metas e ações; e o programa de educação continuada. Os dados permitem afirmar que a construção de políticas para a gestão dos resíduos na Ifes mediante prática pedagógica na perspectiva da educação ambiental e na dimensão do pensamento complexo potencializa a comunidade universitária para a reforma do pensamento, possibilitando pensar a realidade institucional como um sistema complexo todo-parte-todo integrado e articulado, contribuindo para um agir ético, responsável e comprometido com a sustentabilidade do meio ao qual pertencemos.